SMK Institut Indonesia Kutoarjo berada di bawah Yayasan Institut Indonesia 48 Cabang Kutoarjo. Yayasan Institu Indonesia 48 Berpusat di Yogyakarta dan mempunyai Cabang di Semarang, Kutoarjo, Surabaya.
Struktur Organisasi Yayasan Institut Indonesia 48 Cabang Kutoarjo:
Ketua |
Drs. Ign Uripto |
Sekretaris |
Agung Sulistyo, ST. |
Bendahara |
Slamet Rahardjo |
Anggota | Dwiningsih |
Anggota | Drs. Priyo Iriyanto |